Pocos son los datos históricos del pueblo que poseemos. Los más antiguos nos remontan al s. XII, año 1133, en cuyo año el rey Alfonso VII dona la villa al Monasterio de Oña (Cartulario de Oña). De tiempo inmemorial formó parte de la Cuadrilla de Caderechas, junto a otras villas como Padrones, Hozabejas (Hoz Apiculas u Desfiladero de las Abejas), Rucandio (Rivulus Candidus o Río Blanco), Huespeda, Madrid (Matritum, Canal), Quintanaopio (Quintana Oppidum o Residencia-Fortaleza), Cantabrana (de origen cántabro, ¿el límite de este antiguo pueblo de la meseta, quizás?), Betretea y Terminón (Terminonem o Límite ¿del pueblo autrigón?.).

Los datos que obran en el archivo parroquial -actualmente en el Arzobispado de Burgos- son de principios del s. XVII, documentos de fábrica, registro de bautismos, defunciones y matrimonios.
Breve historia del pueblo
Según el Censo de la Corona Castilla, en el año 1541 Aguas Cándidas tenía 13 vecinos, un pechero, 10 hidalgos y 2 clérigos. En  1768 (Censo del Conde de Aranda) había 22 vecinos, 22 hidalgos, 58 varones 44 mujeres y 1 cura. En 1787 (Censo de Floridablanca) poseía 118 habitantes -63 varones y 55 mujeres-. En 1917-según el Anuario Eclesiástico- tenía 200 habitantes (con Ayuntamiento). Y, según la Estadística, en 1991 la Villa de Aguas Cándidas tenía 69 viviendas y estaba habitado por 39 habitantes: 25 varones y 14 mujeres. (Datos tomados de Ángel Villasante Ortega, El Valle de Caderechas y sus Pueblos, Burgos 2008)
Según el famoso diccionario de Pascual Madoz (1847), en la villa de Aguas Cándidas había 19 casas de ordinaria fábrica, una escuela de instrucción primaria para niñas y niños, una iglesia parroquial dedicada a San Juan, y dos molinos. La escuela dejó de funcionar hacia 1968, cuando, al descender el número de alumnos matriculados, se funfió en la Concentración Escolar Comarcal de Poza de la Sal.

Respecto a los dos molinos mencionados por Madoz, de uno de ellos no quedan ni las ruinas. Eso sí, podemos decir que estaba situado aguas arrriba del arroyo La Cubilla, en el término de Trescasas, debajo de las bodegas, donde hasta los años 60 aún podían contemplarse los restos de algunas paredes. Del otro están sus ruinas junto a la cascada de la carretera de Padrones. Parece ser que estuvo funcionando hasta poco antes de la guerra civil de 1936, y estuvo regentado por la familia de los Tudanca. A la industria molinera parece ser que, en la antigüedad, aún se dedicó una nueva instalación, si hacemos caso del significado atribuido el término Tresmolinos, ubicado probablemente a la salida de pueblo, en dirección a Padrones, entre Salihuertos y el Colmenar, donde se halla un pequeño huerto cercado.
La suerte histórica de este pequeño pueblo ha estado siempre ligada al devenir del partido judicial -Briviesca- y de la provincia -Burgos-.

A principios de los años 30 del pasado siglo el pueblo recibió la beneficiosa llegada de la luz eléctrica, procedente de la central hidroeléctrica de El Porvenir, situada en el término de Los Molinos de Poza de la Sal, junto al Monasterio de San Bernardino, hoy en ruinas, abandonado por su comunidad a raíz de la desamortización de Mendizábal (1835-36). Al parecer la inauguración del tendido a través del campo y la colocación de las primeras bombillas en la plaza del pueblo se hicieron en las fiestas de San Juan, el 24 de junio.

Pero aquello no prosperó. Es en la década de los 50 cuando se construyó en el cercano Quintanaopio una nueva central hidroeléctrica, aprovechando el agua que, a través de un canal procedente del río Padrones, bordeando la falda de Castilviejo, llegaba y caía desde gran altura sobre la turbina  de la pequeña instalación situada  en el profundo barranco.  La producción eléctrica tenía la suficiente intensidad como para dar servicio a todo el valle de las Caderechas. Sin embargo, el tendido eléctrico era bastante deficiente, a base de postes de madera sembrados por los campo y, en las poblaciones, alambres de poca sección y mal tensados. Las averías eran muy frecuentes, sobre todo en invierno o cuando había temporal de viento. De la pequeña central, propiedad de la vallisoletana Hidroeléctrica Arranz, todavía hoy se pueden contemplar sus ruinas, ya que las instalaciones fueron abandonadas a principios de los años 80. Entonces, el tendido eléctrico fue renovado en su totalidad y conectado a la red general de Iberduero.
Casa de la maestra y Escuela: en la actualidad
Casa de Villa y Consultorio Médico
Ruinas del molino
Ruinas del Monasterio de San Bernardino
de Poza de la Sal
Ruinas de la antigua Central Hidroeléctrica
"El Porvenir" en Los Molinos de Poza

Desfiladero de Quintanaopio, conocido vulgarmente como La Hoz o El Risco. Abajo lo que queda de la Central Hidroeléctrica, situada en el fondo del tajo excavado por el río

El llamado Puente-Convento, situado sobre el río Hominio, en el camino que va al Convento de San Bernardino de Poza
En los años 60 del pasado siglo conoció España un fuerte despegue económico, causa fundamental del éxodo rural hacia las grandes ciudades. De Aguas Cándidas muchos de sus habitantes, en su mayoría varones, emigraron hacia las provincias vascongadas (Vizcaya, Guipúzcoa y, en menor medida, Álava); otros prefirieron Cataluña (Barcelona) o la capital de la provincia (Burgos). Por contra, el pueblo recibió la fuerza de otros trabajadores: resineros, procedentes de Guadalajara, Ávila o Extremadura; y pastores, que venían de otros pueblos cercanos, como Padrones o Poza de la Sal, entre otros.dit
EL mencionado despegue económico se notó en el pueblo con la realización de algunas obras que se consideraron imprescindibles, gracias, sin duda, a los ingresos que se obtenían procedentes de la explotación resinera: Primero fue remodelado el horno municipal donde se cocía el pan; luego, se realizó la canalización del río hacia 1955, la construcción del pilón o bebedero de animales poco después, y del lavadero a la entrada del pueblo en 1959. Este año conoció también la fundición de las campanas. En los años siguientes se asistió a la inauguración de diferentes puentes de hormigón, que fueron sustituyendo progresivamente a los antiguos, construidos a base vigas de pino o chopo, reforzadas con tablas y cubiertas de materiales terrosos. Son los conocidos con los nombres de Puente-tablas, Las Ollas, Puente-convento y Cañizar, sobre el río Padrones, y el de San Miguel sobre el río Las Fuentes.

El pilón o bebedero: antiguo abrevadero


El horno: en la actualidad  en desuso
Abajo, las campanas, fundidas de  nuevo recientemente, en 2001

El lavadero, construido en 1958
El pueblo tuvo la suerte de ser uno de los primeros de la provincia en instalar red de saneamiento y agua corriente en las casas. Sucedió en 1961, justo después del cercano Hozabejas, que lo hizo un año antes. Poco después llegó el teléfono. Para ver bien la televisión hubo que esperar a los años 90 y, sólo ya en 2005 fue instalado el repetidor de TV en las Eras. En la actualidad -2008- la cobertura digital es parcial y se espera que llegue al 100 % en 2010, con el apagón analógico.  El pavimentado de las calles es reciente y no se ha hecho aún completamente.dit


El Depósito de aguas, construido en 1960
Entre las influencias más importantes que el pueblo ha ido recibiendo a lo largo de la historia hay que contar con la labor de los monasterios cercanos: el de san Bernardino -hoy desaparecido-, cuya decadencia se inició en el s. XIX, como queda dicho, tras la amortización de Mendizábal, y el de San Salvador de Oña, primero benedictino y luego jesuita. Nada sabemos de la actividad e influencias del primero, que cabe suponer. Del segundo, podemos decir que, a lo largo de la primera mitad del s. XX, enviaba a sus frailes teólogos a catequizar a los niños de la Comarca los domingos por la tarde, de dos en dos, montados en sendas bicicletas. La catequesis se extendía a lo largo del curso escolar y terminaba con un pequeño certamen local. De él salía el ganador -niño o niña- que tenía la opción de participar en el certamen general de Oña, que se celebraba todos los años el primer domingo de mayo, y premiaba al mejor con un cordero.
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  El repetidor de TV, instalado en las Eras en noviembre de 2005
En toda la comarca era famoso el día del Certamen, que se celebraba el primer domingo de mayo. Era un día de fiesta total. Mucha gente se desplazaba hasta la villa oniense y disfrutaba con las diferentes actividades organizadas por los jesuitas, entre las que no podía faltar la visita al Monasterio por la mañana, la sesión de cine por la tarde y, por supuesto, la asistencia al Certamen para animar "al del pueblo", si es que había participante.iCon el tiempo, lo que en un principio era un simple encuentro lúdico de pueblos para participar en el famoso Certamen, fue evolucionando y se convirtió en algo más festivo: hubo bailes y encuentro de juventud en la plaza del P. Cereceda hasta bien tarde, exposición de herramientas, aperos y maquinaria agrícola y una especie de feria de productos de la comarca.
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Fachada del Monasterio de San Salvador de Oña
A mediados de los años 60 los jesuitas abandonaron el Teologado de Oña para trasladarse a Loyola (Guipúzcoa). Y con ello, los pueblos de Caderechas, y también de buena parte de La Bureba y los Valles de Valdivielso y Tobalina, dejaron de recibir, cada domingo por la tarde, no sólo la visita joven de aquellos visitantes que, de dos en dos, llegaban montados en sendas bicicletas, sino también el influjo positivo de sus personas en las gentes. 

A partir de entonces el convento pasó a manos de la Excma. Diputación Provincial de Burgos, que instaló en él un Sanatorio Psiquiátrico. Y el famoso Certamen dejó de celebrarse. Una experiencia cuyo recuerdo aún perdura en la memoria de los más añosos de la zona y los habitantes de Oña.